Die Anfänge der Protestanten in Lyon ist verzweigt und verknüpft mit dem Ablauf der Stadt selbst. Im 16. Epoche erlebte Lyon eine Periode des Calvinismus, wobei etliche Händler und gebildete Persönlichkeiten sich dem neuen Glauben zuwandten. Diese anfängliche Präsenz führte zu einer dynamischen reformierten Kirche, die jedoch auch bedeutende